La respuesta a esta pregunta depende de muchos factores. En general, AMD y Nvidia tienen un buen soporte de los controladores Mesa en Linux. Sin embargo, hay algunas diferencias en el rendimiento y las características que ofrecen los controladores privados y Mesa. Por ejemplo, los controladores privados de Nvidia suelen ofrecer un mejor rendimiento, pero a cambio requieren que instales el paquete de controladores Nvidia en tu sistema. Mesa, por otro lado, es un software libre y no requiere que instales ningún paquete adicional.
En cuanto a las incompatibilidades, la mayoría de los entornos de escritorio y los juegos funcionarán bien tanto con los controladores Mesa como con los privados. Sin embargo, es posible que encuentres algunos problemas de compatibilidad aquí y allá.